1894年春，朝鲜爆发“东学党”农民起义，请求清政府派兵协助镇压。此后，日本以欺诈手段诱使清军入朝，以此为借口，大量派兵入朝。并于当年的八月份，挑起甲午中日战争。此时，权倾朝野的李鸿章已经是七十一的高龄。
不到一年，甲午中日战争以北洋水师全军覆灭、中国惨败告终。李鸿章也在此时前往日本签订《马关条约》。也是在《马关条约》签订完后，李鸿章彻底地背负起“卖国贼”的名号。在今天的中学历史教科书里，各个版本对于李鸿章的评价都是贬大于褒，但无法否认的是李鸿章在这场改变两国国运的战争中的却是一位举足轻重的人物。其是非功过着实令人难以评价。
在甲午中日战争爆发前期，李鸿章可谓是坚决的求和派。彼时，清军已经和日本军队处于对峙状态，中国和日本的社会舆论都在宣扬要与对方决一死战。在这个紧要关头，李鸿章却向光绪帝建议采用和谈的办法解决这一事件，因为李鸿章心里清楚清军的综合战斗力和其所配备武器的先进水平与日本军队相比是处于怎样的地位。然而，当时光绪帝刚刚亲政不久，再加之由于慈禧太后从小对光绪帝近乎变态似的帝王教育，光绪帝的性格较为怪异，脾气也较为暴躁。且翁同龢对光绪帝的爱国教育，使得光绪帝直接无视了李鸿章的这一建议。倘若当初光绪帝听从了李鸿章的“求和”意见，可能也不会让日本和西方列强清楚地认识到大清朝已经衰落到如此地步，可能也不会有后来的“瓜分中国”，也不会有台湾的沦陷。
在甲午中日战争中，最令无数人痛恨的应该是李鸿章的“避战保船”的策略。在甲午中日战争第一阶段中的黄海海战中，北洋水师的损失并不算惨重，邓世昌的致远舰和林永升的经远舰虽然被炮毁沉没，但北洋水师的主力定远舰和镇远舰尚在，足以与日本舰队匹敌。而李鸿章在此时却发布了一道“避战保船”命令，导致北洋水师的军舰全部退缩到威海卫港内，拒不迎击日本军队。后来，随着日本军队对威海卫港的水陆双重夹击之下，北洋舰队在威海卫港内全军覆灭，海军提督丁汝昌和定远舰管带刘步蟾双双自杀。李鸿章实行“避战保船”的原因无非是想保证自己在朝中的地位与权势。在当时，北洋水师可谓是李鸿章的“脸面”，北洋水师受到打击就等同于李鸿章受到打击，处于官场中的李鸿章自然明白这件事。且当时由于清廷的严重腐败，北洋舰队的军饷常常亏空，没有资金去购买枪支弹药，再加之清军士兵无视军纪，大量吸食鸦片，导致北洋舰队的实力大减。由此可看出，李鸿章能清楚地认识到这场战争的结局，并想尽一切办法维护自身利益。
甲午中日战争后，李鸿章前往日本签订《马关条约》。尽管出行前清廷已授予李鸿章割地赔款的全权，但他仍期望“争得一分有一分之益”，与日方代表反复辩论。在第三次谈判后，李鸿章于回住处的路上遇刺，眼睛受伤，世界一片震惊，日方因此在和谈条件上稍有放松。李鸿章眼伤稍愈之后，双方第四次谈判，日方对中国赔款2亿5千万两白银，割让辽东半岛及台湾澎湖等要求表示不再让步。事后日方继以增兵再战进行恫吓。李鸿章连发电报请示，光绪皇帝同意签约。据说他在签字前的最后关头，曾经老泪纵横地对使团的美国顾问科士达说：“万一谈判不成，只有迁都陕西，和日本长期作战，日本必不能征服中国，中国可以抵抗到无尽期。日本最后必败求和。”后人因此对李鸿章高价赞誉，认为他“一把骨头一把泪为清政府省下1亿白银，为清政府的苟延残喘做出了极大贡”，而实际上倘若李鸿章没有过于抓北洋海军权力与保船避战政策，清政府对于北洋海军的经费不至于减少如斯，甲午海战的结局亦有可能改变，而不是被全歼于渤海湾海港内。也正是因为马关签约的强烈刺激，李鸿章发誓“终身不履日地”。两年后他出使欧美各国回来，途经日本横滨，再也不愿登岸，当时需要换乘轮船，要用小船摆渡，他一看是日本船，就怎么也不肯上，最后没有办法，只好在两艘轮船之间架了一块木板，75岁高龄老人，在呼呼悠悠地海面上，毅然决然地蹒跚着步子，慢慢腾腾地挪过去。
纵观李鸿章在甲午中日战争中的表现，我们可以看出他是一个充满矛盾的人物。他身上有着中国传统的官僚地主的劣根性，也有近代维新派的务实、创新、反思的特点。无论他是什么身份，我们无法否认的是李鸿章这位"大清帝国中唯一有能耐可和世界列强一争长短之人"确确实实是爱着这个国家的。他在甲午中日战争中的各种得失可能只是一个人在历史洪流中的不断挣扎罢了。