“七七事项”后不久，日军攻克北平。北京大年夜学、清华大年夜学南迁，大年夜批师生南下。当时陈垣老师没有南下，而是留在了北平。1945年9月3日，日本向中国降服佩服的第二天，辅仁大年夜学举行开学仪式。陈垣老师说：“辅仁大年夜学已有8年没有举行开学仪式，由于国旗拿不出来，国歌不能唱，以致措辞也要受到限定。日本攻克徐州时，逼迫各个黉舍都要庆祝，挂出伪满的旗，以是干脆就不举行开学仪式和不举行升旗。”当初为什么他不脱离北平呢？
一个缘故原由是辅仁大年夜学是德国教会办的，并没有南迁的盘算，陈垣老师假如南下，只能丢下辅仁大年夜学的师生，单身脱离北平。他是一位学者，脱离了他的大年夜批图书就无法进行事情。离不开辅仁大年夜学，离不开他北平的册本，这应该是一个缘故原由。
虽然自己没有脱离北平，但他对想要脱离北平的人，他的同伙、晚辈等，是很支持的。
陈垣老师留在北平，另一个紧张缘故原由是他感觉自己有责任留在北平。留在北平做什么？他为什么坚信自己要留在北平，而且要做很多工作，这要有坚决的信念。什么信念？
陈垣老师坚信日本的侵占肯定是要掉败的。他在抗战时期写了好几本书。这几本书既是学术著作，更紧张的是战争的著作。有一本书叫《南宋初河北新玄门考》，他说：“自永嘉（西晋的一个年号）以来，河北已经被外族侵陵好久了，但为什么着末中国会规复呢？中国的人口还越来越多呢？便是千百年来先夷易近困难培养而成的这么一种夷易近心。”当时他只能用中国历史上的夷易近族斗争来比喻抗日战斗，由于夷易近族斗争也是有长短之分的，也是有正义与非正义之分的，是可以从中汲取履历教训的。这是第一点，他坚信侵占者是不能长久的。
别的，必要斟酌到现实。掉守区的人夷易近弗成能都跑到后方去，包括掉守区的常识分子也弗成能都跑到后方。掉守区必要有人坚持正气。陈垣老师觉得自己应该是在掉守区坚持正气的人。陈垣老师能留在掉守的北平，由于有一套理论、一套信念在支持着他。他留在北平便是要树立起一壁旗帜。当时他有两句话叫“君子心、端士习”，“君子心”便是正直民心，“端士习”，端也是正的意思，士是指常识分子。他要教导青年，劝说朋侪必然要维持夷易近族气节。
抗战时期陈垣老师在掉守区的北平做了三件大年夜事：第一件事，保持辅仁大年夜学；第二件事，教导门生；第三件事，以书斋做疆场，用纸笔做刀枪，写了一系列有战争性的著作。当时形势险恶，做这三件事是很不轻易的。
第一件事，举一个例子。1943年，日本一个着名的杂志《东洋史钻研》颁发了一篇文章，题目为《近日北京学界》。文章作者一方面讲，陈垣老师写了《明季滇黔佛教考》、《南宋初河北新玄门考》，“超人的生动”，而且他的一些门生追随他形成一种学风，异常壮不雅。然后，作者笔锋一转说：“辅仁近日遭到恶运，文学院院长沈兼士掉踪了（沈是当时国夷易近党地下事情的引导人，“掉踪”是躲避日本军警拘捕）。”文章接着写道：“往后甚盼望陈垣等之自重。”很显着，这是在幸灾乐祸之中带有吓唬之意。
辅仁大年夜学从1923年准备时开始，是由美国天主教本笃会主理的，派人、支持经费。到了1933年，本笃会经费呈现了问题，不能继承下去了。教皇就委托德国的圣言会来接办辅仁大年夜学。1937年“七七事项”，包括北京大年夜学、清华大年夜学等很多大年夜学南迁。在掉守区的北平，唯有两所大年夜学的学历获得当时国夷易近政府的承认，一个是燕京大年夜学，美国教会办的，另一个便是辅仁大年夜学，德国教会办的。1941年12月珍珠港事项，美日宣战，燕京大年夜学也办不下去了。这今后的北平，只有辅仁大年夜学一个黉舍能够继承办下去。这时门生有3000多人，是辅仁大年夜学的壮盛时期。黉舍主要的校务由教会代表、即校务长来主持。然则作为黉舍，必要有一壁旗帜，这面旗帜便是陈垣校长。假如没有陈垣校长，门生不会来，师长教师也调集不起来。陈垣校长要把辅仁这个阵地保持下来。辅仁大年夜学里面有共产党的地下组织。也有国夷易近党的地下组织，国夷易近党在北平的抗日据点就在设在辅仁大年夜学，当时有人说辅仁是抗日碉堡。共产党人和国夷易近党人合营斗争，都为抗日尽力。
第二件事，保持辅仁，是要使用这个阵地来教导门生，教导包括柴德赓、启功这样的中青年西席。在辅仁大年夜学，陈垣校长使用统统场合教导门生。1942年4月份，已经是抗战第五个岁首，辅仁每年有返校节，返校节按例开运动会。陈垣校长就在运动会上讲话，说：“本日不是开运动会么，我给大年夜家讲一个孔子开运动会的故事。”孔子怎么开运动会？《礼记》有一篇讲到孔子主持一次射箭比赛，让子路去把门，发布三种人不能参加本日的运动会：第一种是败军之将，不能很好保卫国家的；第二种是为对头服务的；第三种是认敌作父的。这三种人不能参加运动会。以是孔子发布第一条有人走掉落，第二条又有很多多少人走掉落，第三条又有人灰溜溜走掉落了。陈垣校长经由过程这样一个故事，警告当时在场的汉奸，教导门生把气节放在第一位。
陈垣校长也经由过程上课勉励门生。有一天他讲课，讲全祖望和另一位著论理学者杭世骏评论争论刘豫墓在什么地方。刘豫是金灭北宋后，作育的伪齐傀儡政权的头头。刘豫在北宋时做过济南知府，有人说刘豫的墓在济南，有的人说刘豫的墓在他的老家。然则陈垣说刘豫的墓究竟在什么地方并不紧张，紧张的是刘豫的后人，明明知道自己是刘豫的子孙，然则他却说自己先世不明。以是，陈垣校长说，一小我连自己的后人都不认他的话，这小我真是遗臭万年了。这也是对汉奸的警告。当时，在公共场所讲这些话是要冒风险的，但由于陈垣校长的名誉，日本人也不便明火执仗地找他麻烦。
第三件事，他以书斋做疆场，以纸笔做刀枪。抗战八年，陈垣校长一共写了七本有战争性的著作，是他平生中学术著作最丰硕的时期。这些书里面都是借着讲宗教、讲历史，用他的话来讲便是“斥汉奸，斥日寇，责当政”，这个“当政”便是不好好抵抗日本侵占，不好好整顿自己的政治确当权者。
这些著作不只在当时起了鼓舞民心的感化，而且直到本日，照样文史学者的必读书，频频重印。缘故原由就在于他的这些书都是颠末广泛网络材料、颠末严格考证写出来的，是有血有肉、有根有据、有针对性的著作。这就给我们以紧张的启示：义愤不能代替科学。从历史学的角度来说，只有相符历史真实的著作，在反侵占战斗中才是最有战争力的著作，也才能成为不朽的著作。